El Caso 01 de la JEP, que está relacionado con las tomas de rehenes, graves privaciones de la libertad y otros crímenes cometidos por las extintas FARC, lleva hasta la fecha dos imputaciones: la primera fue emitida por el tribunal de justicia transicional contra el antiguo Secretariado y la segunda contra miembros del Comando Conjunto Central de las FARC-EP.