En 2014 la Universidad del Atlántico demandó su inclusión en el Registro Único de Víctimas por las afectaciones que sufrió la comunidad universitaria entre 1996 y 2008 a causa de la injerencia del paramilitarismo. En julio de 2015 la institución recibió la resolución de la Unidad de Víctimas que la reconoció como sujeto de reparación colectiva. Actualmente su Comité de Impulso se encuentra en la fase de diagnóstico del daño y espera que el Plan Integral de Reparación Colectiva sea aprobado a finales de 2018.
Tres universidades públicas del Caribe han sido incluidas en el Registro Único de Víctimas como sujetos de reparación colectiva: la de Córdoba en 2012, la del Atlántico en 2015 y la Popular del Cesar en 2017, por las afectaciones que sufrieron entre 1986 y 2006 a causa de un proceso sistemático de infiltración de grupos paramilitares. Sus experiencias y aprendizajes sirven de ejemplo para otras instituciones que, como la Universidad de Antioquia, están interesadas en ser reconocidas como víctimas colectivas del conflicto armado.