El proceso de reparación colectiva que emprendió esta institución a mediados del 2017 se ha visto atrasado, entre otras cosas, por la inestabilidad institucional de la universidad y por temores en el círculo docente.
El 26 de julio de 2017 la Universidad Popular del Cesar fue incluida en el Registro Único de Víctimas, lo que la convirtió en la tercera institución universitaria del país en ser reconocida como Sujeto de Reparación Colectiva. El pasado noviembre, en un acto público de notificación, tanto el rector como el Comité de Impulso se comprometieron a “promover una transformación profunda de la Alma Mater” a través de su proceso de reparación. Esta semana la Universidad concluyó la fase de alistamiento con la Unidad de Víctimas y el próximo semestre iniciará su diagnóstico del daño.
Tres universidades públicas del Caribe han sido incluidas en el Registro Único de Víctimas como sujetos de reparación colectiva: la de Córdoba en 2012, la del Atlántico en 2015 y la Popular del Cesar en 2017, por las afectaciones que sufrieron entre 1986 y 2006 a causa de un proceso sistemático de infiltración de grupos paramilitares. Sus experiencias y aprendizajes sirven de ejemplo para otras instituciones que, como la Universidad de Antioquia, están interesadas en ser reconocidas como víctimas colectivas del conflicto armado.