Las críticas de grupos de investigación de distintas universidades por una convocatoria que consideran sesgada, el retiro de archivos de derechos humanos y la separación del Centro de dos redes de memoria reflejan desconfianzas entre esa institución y sus aliados naturales.
Tres organizaciones sociales que fueron aliadas del Centro Nacional de Memoria Histórica en Antioquia decidieron retirar su apoyo a esa entidad luego de la posesión de Darío Acevedo como director. Sus representantes aseguran que harán veeduría al trabajo que adelante el Centro y que emprenderán iniciativas de memoria independientes.