En 2012 la Universidad de Córdoba se convirtió en la primera institución universitaria de Colombia en ser incluida en el Registro Único de Víctimas como sujeto de reparación colectiva, por las afectaciones que sufrió entre 1995 y 2008 a causa de la infiltración del paramilitarismo. Su reconocimiento derivó de un proceso piloto iniciado en 2008 que, diez años después, lleva a la comunidad universitaria a considerar que todavía no ha sido reparada.
Tres universidades públicas del Caribe han sido incluidas en el Registro Único de Víctimas como sujetos de reparación colectiva: la de Córdoba en 2012, la del Atlántico en 2015 y la Popular del Cesar en 2017, por las afectaciones que sufrieron entre 1986 y 2006 a causa de un proceso sistemático de infiltración de grupos paramilitares. Sus experiencias y aprendizajes sirven de ejemplo para otras instituciones que, como la Universidad de Antioquia, están interesadas en ser reconocidas como víctimas colectivas del conflicto armado.
